Die Immunfärbung des c-Fos wurde unter Verwendung einer modifizierten Version von SHANEL10 durchgeführt. Dieser Prozess umfasste Schritte wie die Dehydratisierung mit einer Ethanol-Wasser-Serie, die Inkubation in DCM/Methanol, die Rehydratisierung, die Behandlung mit 0,5 M Essigsäure und Guanidin HCl, sowie die Blockade und Färbung mit einem primären und sekundären Antikörper. Für die Mikroglia-Färbung wurden Gehirne von CX3CR1GFP/+ Mäusen ähnlich vorbehandelt und mit einem Antikörper markiert.
Die Lichtblatt-Bildgebung für c-Fos-markierte Gehirne wurde mit einem System durchgeführt, das Tiling Scans und Bilder in 16-Bit-Tiefe bei einer Auflösung von 1,625 μm pro Voxel erfasste. Für Mikroglia-markierte Gehirne wurden ähnliche Scans mit der Ultramicroscope Blaze durchgeführt. Die Bilder wurden anschließend zur weiteren Analyse vorbereitet und mit verschiedenen Bildverarbeitungstechniken segmentiert.
Für die Zellsegmentierung wurde ein 3D BasicUNet-Modell für DELiVR trainiert und evaluiert. Das Modell wurde auf einem GPU trainiert und mit anderen Segmentierungsmodellen verglichen. Die Bewertung erfolgte sowohl auf Volumen- als auch auf Zellebene, um Qualität und Genauigkeit der Segmentierung zu messen.
Die Immunfärbung und Bildgebung von Zellen im Gehirn wurde durch Atlas-Registrierung, statistische Analysen und Visualisierungen vervollständigt. Dies beinhaltete die Zuordnung von Zellen zu Gehirnregionen, die statistische Analyse von Zellverteilungen und die Darstellung der Ergebnisse mit BrainRender. Dahinter stand eine komplexe Segmentierungs- und Analysepipeline namens DELiVR, die als Docker-Container und Fiji-Plugin verfügbar war.
Zusätzlich wurden experimentelle Studien an Mäusen durchgeführt, bei denen Kolonkrebszellen implantiert wurden, um die Auswirkungen auf den Organismus zu untersuchen. Die tierexperimentellen Verfahren wurden gemäß den geltenden Vorschriften und ethischen Standards durchgeführt. Die Daten wurden statistisch ausgewertet und in Grafiken und Diagrammen präsentiert.