In den durchgeführten Experimenten wurde eine NVIDIA A100-SXM 81GB Grafikkarte und 12 AMD EPYC 7742 64-Core-Prozessoren für das Training aller Modelle verwendet. Der Ansatz in den Experimenten basiert auf einer Kostenfunktion, die auf der multiskaligen strukturellen Ähnlichkeit (MS-SSIM) Methode beruht. ...
Die Immunfärbung des c-Fos wurde unter Verwendung einer modifizierten Version von SHANEL10 durchgeführt. Dieser Prozess umfasste Schritte wie die Dehydratisierung mit einer Ethanol-Wasser-Serie, die Inkubation in DCM/Methanol, die Rehydratisierung, die Behandlung mit 0,5 M Essigsäure und Guanidin HCl, sowie die ...
CandyCrunch nutzt domain-Expertise zur Vorhersage von Glykanstrukturen. Die Fragmentierungsmuster und Grundmuster in MS/MS sind vorhersagbar und durch maschinelles Lernen analysiert. Eine bisher unvergleichlich große Menge an annotierten LC–MS/MS Spektren von Glykanen wurde gesammelt und kuratiert. Die Datenbank umfasst fast 500.000 ...
In dem Artikel “Large language models in medicine” wird die Verwendung von großen Sprachmodellen in der Medizin diskutiert. Unterschiedliche Modelle wie GPT-4, ESM-2, und Geneformer werden vorgestellt, die eine Evolutionsskala-Prädiktion von Proteinstrukturen, Transferlernen in der Netzwerkbioinformatik und Vorhersagen in der ...
Die Zusammenfassung stellt eine Vielzahl von Artikeln vor, die sich mit verschiedenen Themen im Bereich der Proteinforschung, Genexpression, künstlicher Intelligenz und maschinellem Lernen befassen. Ein Artikel von Jumper et al. beschäftigt sich mit präzisen Vorhersagen von Proteinstrukturen mit Alphafold. Eine ...
Das DeepPBS-Rahmenwerk wird in Abbildung 1 dargestellt. Die Eingabe für DeepPBS (Abbildung 1a) besteht aus einer Protein-DNA-Komplexstruktur, bei der ein oder mehrere Protein-Ketten an einer DNA-Doppelhelix gebunden sind. Mögliche Quellen für solche Strukturen sind experimentelle Daten, molekulare Simulationsschnappschüsse oder entworfene ...